Aunque la muerte de Hanneman toma hoy a todo el mundo por sorpresa, una grave enfermedad había atacado ya al músico desde hace un par de años.Temprano en el 2011, Jeff contrajo una enfermedad llamada Fasciitis Necrotizante, que no es más que una bacteria que poco a poco se come la piel de la víctima. Se cree que contrajo la infección debido a una picadura de araña.
Su condición lo alejó de la banda desde entonces, Gary Holt y Pat O'Brien se han encargado de reemplazarlo durante todo este tiempo.
Hoy, Jeff ha perdido la batalla, pero su recuerdo quedará vivo en su legado musical y en todos los fanáticos de la banda.